基本指令

设置文件夹

目录查看 : ls
- 查看隐藏文件 :ls- al

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(base) MCLS:desktop jason$ ls
2020サンプル		Rcode.rtf		data			pukiwiki data		result.html		培地検討
GitHub Desktop-2.app	Visual Studio Code.app	nu			result.Rmd		torula			培地検討02

相对路径和绝对路径
绝对路径: [/Users/jason]
相对路径: [..]返回上一层
[.]保持同一层

新建文件夹: mkdir
mkdir new

(base) MCLS:desktop jason$ mkdir kihondir
(base) MCLS:desktop jason$ ls
2020サンプル		Rcode.rtf		data			nu			result.Rmd		torula			培地検討02
GitHub Desktop-2.app	Visual Studio Code.app	kihondir		pukiwiki data		result.html		培地検討

- 也可以同时建立两个文件夹
  mkdir test1 test2

变换路径: cd,显示路径kinhondir

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(base) MCLS:desktop jason$ cd kihondir
(base) MCLS:kihondir jason$ pwd
/Users/jason/desktop/kihondir

删除文件夹: rmdir
但是只能用于空文件夹

文件的操作

创建新文件export

1	(base) MCLS:kihondir jason$ export > testfile

复制文件cp

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(base) MCLS:kihondir jason$ cp testfile newfile
(base) MCLS:kihondir jason$ ls
newfile		testdir1	testdir2	testfile

文件位置的移动和文件名的变更mv

(base) MCLS:kihondir jason$ mv testfile testdir2
(base) MCLS:kihondir jason$ mv newfile newfile.txt
(base) MCLS:kihondir jason$ ls
newfile.txt	testdir1	testdir2

– 删除文件rm
用了rm以后，整个文件就彻底消失了，所以需要注意。
推荐使用rmtrash

查看文件

cat(concatenate:连结)

(base) MCLS:kihondir jason$ curl http://togows.org/api/ucsc/hg38/refGene/1,100 > newfile.txt
  % Total    % Received % Xferd  Average Speed   Time    Time     Time  Current
                                 Dload  Upload   Total   Spent    Left  Speed
100 21019    0 21019    0     0  13211      0 --:--:--  0:00:01 --:--:-- 13202
(base) MCLS:kihondir jason$ cat newfile.txt
bin	name	chrom	strand	txStart	txEnd	cdsStart	cdsEnd	exonCount	exonStarts	exonEnds	score	name2	cdsStartStat	cdsEndStat	exonFrames
585	NR_046018	chr1	+	11873	14409	14409	14409	3	11873,12612,13220,	12227,12721,14409,	0	DDX11L1	unk	unk	-1,-1,-1,
585	NR_024540	chr1	-	14361	29370	29370	29370	11	14361,14969,15795,16606,16857,17232,17605,17914,18267,24737,29320,	14829,15038,15947,16765,17055,17368,17742,18061,18366,24891,29370,	0	WASH7P	unk	unk	-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,

只显示开头的20行
head -n 20 newfile.txt
显示末尾的数据
tail newfile.txt
Tab键，自动显示文件名
历史搜索功能,↑, ctrl+a: 到句首， ctrl+e: 到句末
模糊查找　　　
ls *.txt

Shell

Shell是OS的指挥中心。

Redirection and pipe
一般情况下输入：文件，输出：屏幕。但是也可以改成输入：文件，输出：文件。
只需要在后面指定> filename就好。
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cat newfile.txt | wc > result.txt

| : Pipe

1	head -n 200 test.vcf \| grep ^\#' \| grep -v '^\#\#'

可以处理简单的正规表达，但是遇到复杂的情况就变成天书了，这时候需要用到其他编程语言。

系统管理

解压缩

tar ztvf sample.tar.gz:
查看压缩文件，需要提前mkdir cd建立空文件夹
tar zxvf sampe.tar.gz: 解压缩tar.gz

Jason's Escape

Mac Terminal基本操作